La Dirección de Investigación tiene como finalidad, orientar, coordinar y promover el trabajo investigativo hacia los temas de interés nacional. El Artículo 185º del Estatuto de la UNA menciona: que la investigación debe contribuir con soluciones efectivas a la problemática nacional y aportar conocimientos a la comunidad científica. Además, debe propiciar la formación continua de investigadores/as, vinculados/as y comprometidos/as con la institución, integrando la docencia y la extensión universitaria.

La Dirección de Investigación de la FACSO es el espacio para el desarrollo, la creación y la recreación del conocimiento, así como para la formación de investigadores y científicos.

La misión de la dirección es «Promover y gestionar la investigación en ciencias sociales, estimulando la participación de diversos actores de la academia y otras instituciones u organizaciones, a fin de contribuir a la comprensión e interpretación de la realidad, respondiendo a las demandas sociales que tienda a contribuir a la construcción de una sociedad más equitativa y democrática».

Su visión, que la investigación en ciencias sociales desarrollada en la FACSO sea reconocida nacional e internacionalmente, por su rigurosidad, calidad, pluralidad de perspectiva teórica y metodológica, orientada a la transformación de la sociedad tendientes al mejoramiento de la calidad de vida de la población paraguaya.

Para el cumplimiento de sus objetivos estratégicos, se plantea el desarrollo de líneas de investigación que abarquen conocimientos, inquietudes, prácticas y perspectivas de análisis que permitan el desarrollo de proyectos y productos construidos de manera sistemática alrededor de temas de estudio que son considerados relevantes para la FACSO-UNA.